Las infecciones del tracto urinario son difíciles de evitar a la hora de ser contraidas por el bebé. El médico puede prescribir antibióticos, para prevenir la infección repetida.

Si los resultados muestran anormalidades del tracto urinario, que aumentan el riesgo de infecciones de repetición, el médico puede recomendar un tratamiento prolongado con antibióticos.
Algunas evidencias sugieren que la lactancia materna puede ayudar a prevenir las infecciones del tracto urinario durante los primeros seis meses de vida.
Después de aprender a usar el baño, algunos niños no pueden vaciar sus vejigas con suficiente frecuencia, por lo que pueden ser más propensos a sufrir gérmenes en la vejiga, y padecer una infección urinaria.
Se debe de fomentar un programa de vaciado de la vejiga para ayudar a reducir este riesgo. Es importante que a lo largo del día, el niño debe de beber suficiente agua, para que se llene la vejiga y pueda ayudar a su niño a vaciarla con mayor frecuencia.
El estreñimiento también puede poner a un bebé en riesgo de una infección urinaria. Los hábitos regulares de ir al baño y una dieta adecuada y rica en fibra, son las mejores maneras de prevenir el estreñimiento.
El diagnóstico temprano y el tratamiento precoz son los pasos más importantes en la prevención de la infección de orina, que puede causar daños en el riñón.
Son necesarios los cultivos de orina periódicos durante el primer año, después de la primera infección del tracto urinario de los niños, y para los niños en situación de riesgo, para ayudar a detectar infecciones urinarias recurrentes, para evitar otros posibles daños.
El tratamiento preventivo puede durar desde varios meses hasta varios años; los expertos discrepan sobre el mejor enfoque, ya que algunos médicos creen que el uso a largo plazo de dosis bajas de antibióticos pueden prevenir las infecciones urinarias con seguridad en los niños, especialmente si éstos tienen reflujo vesicoureteral.
No está claro que los antibióticos recetados a largo plazo, puedan prevenir el daño renal, pero algunos médicos son más reticentes sobre la prescripción de antibióticos para el uso a largo plazo, debido a la creciente preocupación por el crecimiento de las bacterias resistentes a antibióticos.
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